Alle fødevarevirksomheder kan undlade at have egenkontrol med lovgivningsområder, der ikke har direkte betydning for fødevaresikkerheden. Der vil fortsat være krav om egenkontrol med fødevaresikkerhed.
Det, der konkret skal styres, overvåges og nedskrives i den enkelte virksomhed, afhænger af, hvad den beskæftiger sig med. Det afhænger desuden af den risikoanalyse, virksomheden har gennemført (ofte med hjælp fra branchekoder).
De tilsynsførende kontrollerer, at virksomhederne har udpeget og overvåger de rigtige kritiske kontrolpunkter.
God hygiejnepraksis (GMP)
Her er der ikke krav om skriftlige procedurer og dokumentation, men der lægges vægt på generel rengøring, vedligeholdelse, materialer til gulve, vægge og inventar, skadedyrssikring og hygiejneuddannelse.
Dokumentation uden egenkontrolprogram
Her er der ikke krav om skriftlige procedurer, men om dokumentation. Eksempelvis sporbarhed, økologi og uddannelse.
HACCP-baseret egenkontrolprogram
Her skal foreligge skriftlig dokumentation for risikoanalyse, procedurer og målinger, eksempelvis på temperatur, specifik rengøring og krydssmitte/ personlig hygiejne.
Specifikt egenkontrolprogram
Krav om skriftlige procedurer og dokumentation i specifik lovgivning.